Xeonマシン利用説明書 Ver.1.05 2004/7/15, 三浦隆治 （サーバへのプログラムの送り込みを廃止し、 　カレントディレクトリに置く方式に変更しました。 　初期設定が簡単になりましたが、 　日常の使用は若干煩雑になりました。） １．概要 　・現在、共有Xeonマシンには 　　MaterialsStudio用と一般用の２種類があります。 　　いずれもakinux 名が付いていますが、個人用ではありません。 　　管理者は磯本さんですが、三浦も支援しています。 　　以下で説明するのは一般用です。 　　MaterialsStudio用については別途説明を参照してください。 　・Xeonマシンのスペックは下記の通り。 　　CPU : Pentium4 Xeon 2.8GHz 2CPU (HT Disable) 　　RAM : DDR-SDRAM 4GB 　　OS : RedHat Linux 8.0 (kernel:2.4.20-18.8smp) 　・実行する計算プログラムとしては、宮本研オリジナルのものを推奨します。 　　ryudo、および colors の動作実績があります。 　　その他、ライセンスを必要としないプログラムなら、 　　ほとんど動作すると思います。 　　（もちろん、Linuxで動作するものに限られます。） 　　ライセンスを必要とするプログラムについては、別途ご相談ください。 　　＃MXDORTO, MSPORT, MSP, TRIBOSIM は大丈夫だと思います。 　　＃ADF も大丈夫だと思いますが、インストールが必要です。 　・計算の投入には、outerコマンドを使用してください。 　　（outerコマンドは三浦が開発したオリジナルプログラムです。） 　　outerコマンドを使用するには、親機となる akinux が別途必要です。 　　（通常皆さんに割り当てられている akinux で結構です。） 　　直接投入は、他の人の計算を圧迫しますので、やめてください。 　・計算を始めたい人は、まず磯本さんに申請してください。 　　管理者にしかできない初期設定（アカウント作成）を行います。 　　初期設定が済みましたらご連絡しますので、続いて 　　各自で下記の設定を行ってください。 　・ちなみに、一般用共有マシンは、現在のところ、 　　akinux262〜271、307〜326、342〜351 の計40台が存在します。 　　今後、Xeonマシンが増えた場合は、 親機側で、.outerc に新計算サーバの記述を追加 新計算サーバ側で、下記「２．２．」設定をそれぞれ実施 　　を行ってください。 ２．設定方法 ２．１．親機（クライアント、自分のakinux）側の設定 　一般ユーザで作業してください。 　・outerコマンドをインストールしてください パスの通った場所（例えば ~/bin/ など）に、 outer と showr の両コマンドをおいてください。 （ディレクトリを置いてもパスが通りません。 　必ずコマンド本体をおいてください。） outer と showr は akigin の /town/akilab/outer/ の下にあります。 ftp などで転送してください。 転送後、属性が実行形式になっているか、確認してください。 なっていなければ、実行形式にしてください。 （確認：ls -l で、outer と showr の 左端が -rwxr-xr-x になっている） （変更：chmod 755 outer showr を実行） 　・.outercファイルを作成してください vi や emacs などで、下記のような内容のファイルを作成し、 ホームディレクトリ（~/）に置いてください。 （akinux262〜263までを使う場合。必要に応じて行を追加すること。） akinux262 2 akinux263 2 ※各行頭に空白を入れないこと。第１項がホスト名、第２項がCPU数。 　・.outerlogファイルを作成してください vi や emacs などで、下記内容（１行だけ）のファイルを作成し、 ホームディレクトリ（~/）に置いてください。 0 outerlog ※行頭に空白を入れないこと。 　注意：ファイル名がピリオド(.)で始まるファイルは隠しファイルとなります。 通常の'ls'コマンドでは見えませんのでご注意ください。 'ls'で見たいときは'-a'オプションを付けてください。 なお、moreや編集は普通のファイルと同様にできます。 （これらはUnix(Linux)の基礎知識ですので、各自勉強してください） ２．２．計算サーバ（ホスト、Xeonマシン）側の設定 　telnetなどで計算サーバ(akinux262〜)にログインし、以下の作業をしてください。 　ログインアカウントは、他の akinux と同じです。 　注意：下記の作業は.outercに書いた全ての計算サーバで必要です。 　・.rhostsファイルを作成してください vi や emacs などで、下記内容のファイル（例）を作成し、 ホームディレクトリ（~/）に置いてください。 （ akinux20 を親機として、miura が使う場合） akinux20 miura 　・.rhostsファイルの属性を変更してください。 属性は ls -al でチェックできます。 .rhosts は属性が -rw------- になっている必要があります。 なっていなければ、chmodコマンドで変更してください。 （'chmod 600 .rhosts'と入力） 　以上、終わりましたらexit（ログアウト）してください。 ３．日常の利用方法 　日常利用では計算サーバの操作は必要ありません。 　（計算サーバへのログインなどは不要です。） 　親機側からouterコマンドだけで操作してください。 ３．１．計算サーバの状況表示 親機（自分のakinux）で outer とだけ入力して実行してください。 （オプションや引数は付けないでください。） outer プログラムが計算サーバを巡回し、結果を返してきます。 （少々時間がかかりますので、しばらくお待ちください。） 以下、表示例を示します。 Outer version 1.09 by Ryuji Miura from 2003/6/12. Host User Priority Load Process akinux262 miura 19 99.6000 ryudo akinux262 shimizu 19 99.6000 ryudo akinux263 miura 19 99.5000 ryudo2 Loads akinux262 2/2 akinux263 1/2 akinux264 0/2 akinux265 0/2 vacant cpu = 5 最初の行で、outer のバージョン番号などを示します。 Host 以下に、負荷 25% 以上のプロセスを示します。 Loads 以下に、各マシンの「高負荷プロセス数／ＣＰＵ数」を列挙します。 最後の 5 が空き CPU 数です。 CPUに空きが無くても、下記の「計算の投入」作業ができます。 この場合、CPUに空きが出るまで自動的に待機します。 ３．２．計算の投入 　　１：カレントディレクトリに計算開始に必要なファイルと、 計算プログラムを用意してください 計算開始に必要のないファイルは、できるだけ置かないでください。 例えば RYUDO計算の場合、def.rd と set.rd （場合によってはbondon.dat） および、ryudo（プログラム）のみをカレントディレクトリに置いてください。 　　２：outer コマンドを実行してください 例えば ryudo を実行する場合は、下記のように入力して実行してください。 （計算プログラム名の前に必ず'./'を付けてください） outer ./ryudo 後は自動的にCPUが空いている計算サーバを探し出して、計算を投入します。 もし空きがない場合は、空きが出るまで待ち続けます。 （デフォルトで３分おきに空きをチェックします。） 計算終了後は、自動的にカレントディレクトリに計算結果が返ってきます。 　　注：短時間に複数の outer を開始しないでください。マシンの負荷状況を 　　　　読み誤って、１つのマシンに計算を入れすぎることがあります。 　　　　具体的には、先にスタートした outer が、各 Xeon マシンの負荷を 　　　　チェックし終わって実際に計算を投入するまで、 　　　　次の outer を実行しないでください。 　　注：計算中は、そのウィンドウを閉じないでください（最小化は可） 閉じてもたぶん計算は進行しますが、結果が戻ってこなくなります。 　　注：計算が完了するまで、親機のディレクトリ内容は変化しません 計算していないものと勘違いして、再度計算を投入したりしないよう、 ご注意ください。万一、二重投入してしまった場合、結果は保証できません。 ３．３．実行中の計算一覧 実行中の計算は、showr コマンドで確認できます。 showr とだけ打ち込んでください。 以下、表示例を示します。 Listup processes 12 akinux262 /home/miura/lab/test1/ryudo 13 akinux263 /home/miura/lab/test2/ryudo2 各行、左から「管理番号、計算サーバ名、親機のディレクトリ／プログラム名」 となっています。 ３．４．実行中の計算のRYUGA表示 計算結果は、計算終了まで親機に戻ってこないので、 通常は計算途中の様子を ryuga で見ることはできません。 しかし、このままでは不便ですので、showr コマンドに、 計算サーバで ryuga を起動する機能を設けました。 （あらかじめ計算サーバに ryuga をインストールしておく必要があります。） 親機で下記のように入力して実行してください。 showr 12 ここで「12」は、上述の「管理番号」です。 ryuuga が起動され、親機（またはWindows）の画面に表示されます。 Mode-Filesとすると、計算サーバの計算中のディレクトリがでますので、 そのまま読み込んで、表示、解析してください。 ただし、この機能を使うには、お使いの端末で、 外部から ryuga の画面が出せるようにしておく必要があります。 ・Windowsマシンの場合、astec-x を立ち上げておいてください。 ・Linuxマシンの場合、xhost + を実行しておいてください。 なお、この機能は、ネットワーク越しの連携が微妙に絡みますので、 うまく動かないケースがあります。その際は三浦までご相談ください。 また、現在この機能では「ryuga」という名前を起動することしかできません。 もし他のプログラムを起動したい方は、とりあえず「ryuga」にリネームして Xeon マシンの ~/bin に送り込めば、利用できます。 現在、環境変数で設定できる方法を検討中です。 ４．その他 　・上記の利用方法はまだ暫定的な部分を含んでいますので、 　　今後変更する可能性があります。 　・Xeonマシンは、OSバージョンアップのため、再起動をかけることがあります。 　　その際は、数日前に連絡しますが、あらかじめご了承ください。 　・上記説明でわからない点があれば、三浦までお問い合わせください。